吴阶平医学基金会科技部是吴阶平医学基金会下属职能部门，管理基金会有关科研课题及社会公益服务工作。

为了满足医生学习新技术、协助医生们参加培训，吴阶平医学基金会特设立培训部。

为了满足医生学习新技术、新进展、与国际领域的医学专家们的交流与合作，协助医生们参加国际学术会议和培训，吴阶平医学基金会特设立国际交流部。

随着肝病学科的发展，为了更好的对疑难肝病、重型肝病及其并发症的防治研究，吴阶平医学基金会特成立肝病医学部。

为了不断与癌症做斗争，拯救生命、预防疾病，减少病人的痛苦，特成立吴阶平医学基金会肿瘤医学部。

吴阶平医学基金会全科医学部（原家庭医学部）致力于提升家庭医生能力，促进基本医疗服务水平不断改善，助力分级诊疗制度的建设。

吴阶平医学基金会模拟医学部在吴阶平医学基金会的领导下，通过模拟医学理论体系和方法建设，推广新医学教育模式和方法。

吴阶平医学基金会麻醉重症学部依据学术性、公益性、规范性的原则，从事麻醉、重症医学研究发展规划和业务管理。