为鼓励广大中青年医药工作者敢于质疑，勇于探索，始终保持强烈的创新意识和创造激情，在科研实践中施展才华，大有作为，努力为我国医药卫生事业的发展做出更大贡献，吴阶平医学基金会于2012年在吴阶平医学奖下增设子奖项吴阶平医药创新奖。

吴阶平医药创新奖主要奖励年龄在59周岁（含）以下，在医学、药学研究和应用领域取得重要创新性成就的优秀中青年医师。吴阶平医药创新奖每年评选1次，每次评选出4-6名获奖者。获奖者将获得奖章、证书和奖金20万元人民币。