为了弘扬吴阶平院士的高尚医德和治学精神，鼓励广大中青年医药工作者勇于创新、不断进取，为我国医药卫生事业的发展做出更大贡献，吴阶平医学基金会于2012年在吴阶平医学奖下设立吴阶平医药创新奖。

吴阶平医药创新奖主要奖励年龄在59周岁以下，在医学、药学研究和应用领域取得重要创新性成就的优秀中青年医药工作者。吴阶平医药创新奖每年评选1次，每次评选出4-6位获奖者。获奖者将获得金质奖章、获奖证书和奖金20万元人民币。