根据《国家科学技术奖励条例》和科技部颁发的《社会力量设立科学技术奖励管理办法》，为规范吴阶平院士“吴阶平”姓名的使用，经吴阶平医学基金会与中华医学会泌尿外科学分会商定，自2014年始，“吴阶平泌尿外科医学奖”正式纳入科技部批准设立的“吴阶平医学奖”序列，由“吴阶平医学基金会”管理。

“吴阶平泌尿外科医学奖”的设立，是为了促进中国泌尿外科医学事业的发展、推动泌尿外科医学科学技术进步。奖励在泌尿外科临床、教学、科研工作中做出突出贡献、取得显著成就的个人。

为了维护“吴阶平泌尿外科医学奖”的专业性和权威性，吴阶平医学基金会聘请中华医学会泌尿外科学分会当届副主任委员以上专家及部分老专家组成评审委员会，邀请当届委员会委员和前两届委员会常务委员成为当年“吴阶平泌尿外科医学奖”推荐人。

吴阶平泌尿外科医学奖每年评选一次，每次获奖者不超过2人，颁发证书、奖章及奖金。

吴阶平泌尿外科医学奖接受个人和社会各界捐赠，所接受款项由吴阶平医学基金会管理，专款专用。